Nel XVII secolo, padre Rodrigues e padre Garupe, due preti gesuiti, affrontano violenze e persecuzioni quando, recatisi nel Giappone sotto lo shogunato Tokugawa, tentano di ritrovare il loro mentore e di diffondere il vangelo. Con un governo che desidera eliminare dal Giappone ogni influenza occidentale, i due preti si separano costringendo Rodrigues a dirigersi verso le campagne . Con la direzione della fotografia di Rodrigo Prieto, le scenografie e i costumi di Dante Ferretti e le musiche di Kathryn e Kim Allen Kluge, Silence si basa su un pluripremiato romanzo di Shûsaku Endô in cui si esamina la questione spirituale e religiosa del silenzio di Dio di fronte alla sofferenza umana.