Basato sul saggio Atti impuri – Vita di una monaca lesbica nell’Italia del Rinascimento di Judith C. Brown, Benedetta si ispira alla vita di Benedetta Carlini, una suora vissuta che nel 17° secolo, una volta entrata in convento, ha iniziato una storia d’amore con un’altra donna. Il film segue la sua protagonista già poco prima dell’ingresso nel convento di Pescia da bambina quando, accompagnata dai genitori, riesce a farsi restituire la catenina rubata alla madre dai banditi a cavallo. Diciotto anni dopo conosce Bartolomea, una giovane ragazza accolta nel monastero per proteggerla dalla violenza del padre. Tra le due donne scoppia una passione che è faticosamente trattenuta. Inoltre Benedetta ha continue visioni mistiche. La Badessa gli sui mette contro e il Nunzio Pontificio arriverà al convento per vedere quello che succede.
Verhoeven firma un film epico sulla passione che ha anche frammenti delle improvvise accelerazioni di un sontuoso film bellico come in tutta la parte finale in mezzo alla folla. Proprio dal momento in cui Benedetta esce fuori dalle mura del convento, sprigiona tutta la sua spietata crudeltà accompagnata però da quell’umorismo black spesso al centro dell’opera del cineasta.